Modul II dient der Durchführung von in vivo-Versuchen mit landwirtschaftlichen Nutztieren. Hier werden vor allem biologischen Proben aus Nutztieren, Zellgeweben und Mikroorganismen für weitere Untersuchungen mit den vorhandenen chemischen und mikrobiologischen Methoden in Modul I gewonnen. Für die Forschung des HoLMiR sind zwei Haltungseinrichtungen von herausragender Bedeutung. Dies sind zum einen die sogenannten Respirationskammern, die eine quantitative Messung des Verbrauchs und der Bildung von Stoffwechselgasen auch mit großen Nutztieren, wie Rindern, ermöglichen. Hierdurch kann beispielsweise der Methanausstoß aus dem Vormagen und gleichzeitig das dort vorhandene Mikrobiom untersucht werden. Zum anderen sind dies die Einrichtungen zur keimfreien Haltung von Geflügel. Sie ermöglichen die Identifizierung spezifischer Funktionen definierter Mikroorganismen oder definierter Mikrobiome und ihre Wirkung auf das Tier. Auch Forschung zur Tiergesundheit und zum Tierwohl nimmt dabei eine wichtige Rolle ein.
Das Modul II enthält die Einrichtungen, die für spezifische Stoffwechselversuche einschließlich Respirationskammern für Gaswechselmessungen und der Haltung von keimfreiem Geflügel erforderlich sind. Zusätzlich gibt es Räume zur Herstellung und Lagerung von Spezialdiäten. Insgesamt sind Haltungskapazitäten für bis zu 6 Rinder, 20 Schafe, 20 Schweine und ca. 100 Geflügel vorgesehen. Die Haltungsbedingungen müssen hierbei modernsten hygienischen und technischen Standards entsprechen und sind gesetzlich geregelt. Die Einhaltung dieser Regelungen wird sowohl von der Tierschutzbeauftragten der Universität als auch von den Tierschutzbehörden regelmäßig kontrolliert.
